本系在实现中药现代化总体战略思想指导下，以完善我国具有优势和特色的中医药体系、创制新天然药物为目标，形成了以下五个主要研究方向。
1. 植物分类与药用植物资源的开发和基因工程研究
2. 生药品种鉴定和质量评价研究
3. 天然药物活性成分及新药研究
4. 生药活性成分生物转化及生物合成
5. 中药复方有效物质及其作用机理研究
